I manufatti litici rinvenuti a San Tomè sono caratterizzati da una spessa patina di alterazione, che non permette di individuare a livello macroscopico la provenienza della materia prima utilizzata e pone dei grossi problemi nell'interpretazione delle condizioni di giacitura di questi reperti. L'analisi delle singole parti dei manufatti ha permesso il riconoscimento della tecnica di scheggiatura, che prevedeva l'uso di percussori teneri. Sembra esser stata raramente adottata la preparazione del piano di percussione del nucleo. La misurazione delle grandezze di ogni singolo manufatto ha restituito un quadro del tipo di industria litica impiegata a San Tomè, che era composta soprattutto da schegge, cioè da manufatti la cui larghezza supera il doppio della lunghezza, e da rare lame. Il quadro tipologico dei manufatti litici ritoccati indica una ridotta presenza della classe dei Bulini e dei Becchi-punta, spesso utilizzati come perforatori, come ben dimostrano i ritocchi piatti sulla faccia ventrale. Le classi di strumenti più ricche sono quelle dei Grattatoi con il tipo frontale corto e dei Foliati con le Punte foliate a base arrotondata e con le Punte foliate peduncolate; la maggior parte dei reperti è riferibile alla terza fase della Cultura dei Vasi a Bocca Quadrata (ultimi secoli del IV millennio a.C). Le dimensioni delle Punte foliate a base arrotondata sono da ritenersi estremamente ridotte se confrontate con strumenti simili rinvenuti in altri siti: trattandosi di armi da getto, tale aspetto potrebbe essere il risultato di una caccia specializzata oppure derivare da una scelta legata all'economia della materia prima, che poteva essere di difficile reperimento, o ancora essere riferibile a fattori culturali. La singolare presenza di Grattatoi e di Punte foliate potrebbe inoltre parlare a favore di una specializzazione delle attività svolte a San Tomè, legate in qualche modo alla pratica venatoria. Tale ipotesi troverebbe un punto di forza anche nella particolare ubicazione del sito, che non doveva certo essere stato occupato per ragioni agricole.